Очевидно, имеются в виду протоколы SMTP и POP3. Эти протоколы используются для разных целей.
SMTP - это доставка сообщения до почтового ящика абонента. В задачи SMTP-сервера входит определение того, как и куда именно будет доставлено отправление - положено в почтовый ящик абонента, передано на другой SMTP-сервер, возвращено оправителю с пометкой "адресат выбыл". Если сравнивать с обычной бумажной почтой, то SMTP - это внутреняя кухня почтовых отделений - сортировка писем, сборка их в мешки для передачи в другие отделения связи, раскладка писем по почтовым ящикам абонентов.
Протокол POP3 - это способ покопаться в вашем почтовом ящике, достать из него письма. Если сравнивать с бумажной почтой, то это сотрудник почтового отделения, отвечающий за абонентские почтовые ящики "до востребования". Ну или лифт, на котором Вы спускаетесь из квартиры к своему почтовому ящику.
Кто такой бред сказал? Если сервер и клиент используют разные протоколы, то это сервер и клиент разных программ.
Другое дело, что сервер и клиент могут (и должны) использовать серверную и клиентскую стороны одного протокола, и использовать разные протоколы для разных целей.