Иногда, когда разговариваю на английском часто слышу такую фразу I wish I was there что понимаю ее как, "Желаю быть там" но почему они говорят WAS a не Will be
Фразу ты понимаешь правильно, буквально "Желаю быть там", или "Жаль, что меня там нет (или не будет)".
Перевод в прошедшем времени "Жаль, что меня НЕ БЫЛО там." - неправильный. Свастика, собачка и котик ошибаются.
"Was" здесь не обозначает прошедшее время, после I wish употребляется СОСЛАГАТЕЛЬНОЕ наклонение (Subjunctive), а у него своя система времён.
Если строго следовать правилам, здесь вообще должно быть I wish I WERE there, поскольку в сослагательном наклонении у глагола to be допускается только форма were, в любом лице и числе. Однако в разговорной речи это правило часто нарушается.
I wish I will be there - совершенно недопустимо, звучит примерно как русское "Хочу, чтобы я буду там."
Когда говорят об английских временах, по умолчанию подразумевают времена ИЗЪЯВИТЕЛЬНОГО наклонения. Но в английском есть и другие наклонения...
Это сослагательное наклонение. В русском тоже в нем используются формы глагола в прошедшем времени. Для примера возьму за основу ваше предложение: I wish (that) I was there. /Я хотел бы, чтобы я там был.
Это особый вид предложений. Почитайте "Предложения с I wish" Например, вот здесь http://engblog.ru/i-wish Правильно переведено у sibull 
Жаль, что меня НЕ БЫЛО там.
используется антонимичный перевод - именно здесь это правило действует, поэтому хочется не хочется, но мы вынуждены переводить именно так
А не удивляет, что в русском языке для выражения условности (даже и будущих) событий тоже используется форма прошедшего времени?
Вы не правильно её понимаете. Её нужно понимать "Я хочу, чтобы я БЫЛ там"
Откуда этот неправильный вариант? Правильно
I wish I were there. Это сослагательное наклонение в придаточном дополнительном. И were выражает действие одновременное с глаголом главного предложения. Т. е. I wish I were there переводится "Как жаль, что меня сейчас там нет". "Как жаль, что меня там не было". =
I wish I had been there.
Еще раз изучи conditionals.
Условная форма имеет свои правила, которые нужно знать
Английский сложная штука.
⇢