Сергей
Буквы любые - строчные или большие. Фамилию можно в одной строке, имя - в другой, отчество - в третьей.
Образец заполнения уведомления на УСН здесь http://ipipip.ru/index5.php#h3-2-1
Безразлично...
заглавными.. .
вот не представляю, как можно там имя столбиком разместить....
вообще, чтобы не возникало вообще никаких вопросов наименование стоит писать так как указанов выписке ЕГРНИП (ЕГРЮЛ для юрлиц) .
Особенно это касается спорных букв типа е/ё