Ну если в приказе была указана РАЗНИЦА В ОКЛАДАХ, то она и должна быть выплачена без надбавок.
Более того, сама должность ЗАМЕСТИТЕЛЯ подразумевает замещение руководителя в период его отсутствия, соответственно прописано это и в его должностной инструкции, поэтому по общему правилу доплата заместителям в таких случаях вообще не производится.
"В должностных инструкциях отдельных категорий работников могут предусматриваться случаи, когда в период отсутствия на рабочем месте другого работника со схожей трудовой функцией они исполняют обязанности отсутствующего работника. Указанные положения должностных инструкций, являющихся неотъемлемой частью трудовых договоров, не предполагают осуществление доплат, поскольку в таком случае данная работа (исполнение обязанностей временно отсутствующего работника) выполняется в рамках заключенного трудового договора. "МИНИСТЕРСТВО ЗДРАВООХРАНЕНИЯ И СОЦИАЛЬНОГО РАЗВИТИЯ
РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПИСЬМО
от 12 марта 2012 г. N 22-2-897