В Армению вылетел с армянским паспортом. Возвращаюсь в РФ с российским паспортом. Могут ли возникнуть проблемы.

На российской границе не должно быть никаких проблем - Вы гражданин России и имеете право въезжать когда и откуда хотите, удостоверяя себя паспортом гражданина РФ.

Сам живу в Германии, и мы всегда из Германии выезжаем по немецкому паспорту, а в Россию въезжаем по российскому - никогда проблем не было.

Единственно, что при регистрации на самолет, вы должны предъявить тот паспорт, по которому приобретался билет. И все!