Вообще-то, для замены паспорта гражданин действительно должен представлять военный билет, в числе других документов, необходимых для ПРОСТАВЛЕНИЯ в паспорте соответствующих отметок (п. 35 и 35.4 "Административного регламента ФМС ...по выдаче, замене и ...учету паспортов гражданина РФ... ", утв. Приказом ФМС РФ от 07.12.2009 N 339 в ред. от 28.10.2011)
НО.. . п. 23 того же Регламента УСТАНОВЛЕНО, что НЕпредставление
ВОЕННОГО БИЛЕТА, а также свидетельств о рождении детей в возрасте до 14 лет, документов, подтверждающие регистрацию по месту жительства, свидетельств о заключении/расторжении брака, НЕ является основанием для ОТКАЗА в выдаче паспорта.
Так что ОТКАЗ по такому основанию будет являться административным правонарушением сразу по двум статьям КоАП РФ (ст. 19.1. Самоуправство и ст. 5.63. Нарушение законодательства об организации предоставления государственных и муниципальных услуг) .
Напомните об этом сотруднику ФМС (или его непосредственному начальнику) и думается, что Ваш вопрос легко разрешится даже без письменного обращения в прокуратуру…
Удачи.