скажите а можно дать фамилию отца, если самого отца в тот момент нет. при гражданском браке

А где отец?
Если он жив:
Фамилию отца ребенку можно дать только при установлении отцовства. Либо по совместному заявлению в ЗАГСе ( и тогда отец обязательно должен присутствовать) .
Либо по решению суда об установлении отцовства - если об этом говорится в решении суда.
Если он умер:
Тогда по решению суда об установлении факта признания отцовства можно ребенку дать фамилию отца.