Конечно имели право!
Премия на то и премия, что работодатель сам решает давать её или нет.
За один и тот же дисциплинарный проступок может быть лишь одно наказание. Если в приказе о неначислении Вам премии в виде 13-й зарплаты значится, что ее не начислили именно за тот дисциплинарный проступок, то это нарушение трудового законодательства. А если 13-я зарплата выдается только тем, у кого не было за весь год ни одного дисциплинарного взыскания, то здесь прав работодатель. Соответственно необходимо знать содержание данного приказа и Положения о премировании в вашей организации.
Если нарушение имело место быть, то попросите сначала заверенную копию приказа, Положения (чтобы были на руках доказательства) . Затем обратитесь письменно сначала к руководству о пересмотре начисления Вам премии. Если не поможет, обращайтесь в трудовую инспекцию.
Там все зависит от шефа. Некоторым наплевать на сотрудников видя в них рабов, и любой проступок готовы трактовать в лучшую для них сторону. Вашу премию они присвоили себе, даже если вы результативно работали. В крупных компаниях где сидят недоразвитые руководители именно так происходит. Так что если есть основания, можно зайти к главному и почеловечески попросить 13 ЗП под целевые нужды.