Открыла визу в Германию, но должно срочно вылетить в Болгарию, а потом в Германию? Могу ли я сделать так?

Да, можете

Можете, но при последующем получении визы вас обязательно спросят, почему страной въезда была не Германия, которая вам выдала визу. И если ответ Ваш не удовлетворит, в визе могут отказать.