Можно ли вылететь из Вильнюса в Америку, если у меня однократная шенген виза??

а при чём тут Шенген и Америка?

Для полета в США нужна виза США. Без нее вас сотрудники авиакомпании даже не зарегистрируют на рейс.

Вылететь Вы можете если у Вас есть американская виза, но обратно Вас не пустят, придется лететь до Москвы.

Вопрос не в том, откуда вы летите, а в том, гражданином какой страны являетесь. Если Литвы - то можете лететь в США без визы, хоть из Вильнюса, хоть из Тамбова.