ты вообще в принципе НДС когда-нибудь считал? В смысле, сколько надо будет заплатить за квартал?
Судя по вопросу - нет ("откуда будет вычет"...)
Когда ты что-то реализуешь - выдаешь покупателю счет-фактуру - набирается НДС к уплате.
Когда ты что-то покупаешь - тебе поставщик выдает счет-фактуру - набирается "входной" НДС.
По итогам квартала ты со своих продаж весь НДС должен заплатить в бюджет (тебе его фактически оплатят твои покупатели) .
Но и твой поставщик тоже весь свой НДС с продаж тоже должен заплатить в бюджет - но этот НДС ему фактически оплатят его покупатели, в том числе и ты.
Получается, что ты платишь и НДС со своих продаж ("выходной" НДС) - непосредственно в бюджет, так и со своих покупок ("входной" НДС) - платя поставщику, который свой НДС тоже явно заплатит в бюджет.
Поэтому государство позволяет тебе компенсировать "входной" НДС - ты в бюджет должен заплатить "выходной" НДС минус "входной" НДС - т. е. "входной" НДС принимается к вычету.
Это простые вещи, но их важно понять - тогда многие детские вопросы сами отпадут.
Между прочим, если эту схему понять - то станет понятно и то, что НДС к доходам и расходам отношения не имеет - НДС с продаж идет к уплате в бюджет - в доходы НДС не попадает, входной НДС идет к вычету - в расходы НДС не попадает (тут мы все понимаем, что речь идет об общей системе налогообложения (ОСНО) ) - это тоже простая вещь, которую тоже важно понять, но это уже другая тема.
Право на вычет НДС надо доказывать - для этого нужно иметь счет-фактуру от поставщика. Нет счета-фактуры - нет вычета.
Сам "вычет" происходит при составлении налоговой декларации по НДС (сейчас это поквартально) - там ты указываешь НДС с продаж, НДС принимаемый к вычету, их разницу - это именно та сумма, которую надлежит заплатить в бюджет (или получить возмещение из бюджета, если вычетов оказалось больше) .
Еще есть НДС с авансов, но это другая тема.
Теперь про импорт. Ты товар покупаешь у иностранца, который не является плательщиком НДС и счет-фактуру тебе не даст. Но с этой продажи - когда импортер продает тебе - НДС должен быть уплачен. Этот НДС считает таможня, и он отражается в ГТД. И ты этот НДС должен заплатить - причем явно сразу в бюджет -таможня эту сумму спишет с твоего аванса, ранее уплоченного на таможню.
Ну а дальше ты этот товар продаешь на внутренне рынке и платишь НДС с продаж в бюджет.
Тут схема такая же, как выше, только входной НДС ты платишь не поставщику, а сразу в бюджет, и счета-фактуры у тебя нет - вместо него у тебя есть ГТД. И вот эту сумму НДС ты принимаешь к вычету - т. е. когда будешь считать НДС по итогам квартала и рисовать декларацию по НДС, ты этот НДС, уплоченный на таможне, вычтешь из суммы НДС к уплате - в налоговой декларации специальная строка есть.
Между прочим, чтобы такой НДС можно было принять к вычету - он должен быть уплачен, поэтому налоговая хочет, чтобы кроме самой ГТД ты к ней еще платежки об уплате этого НДСа приложил. На самом деле мы платим на таможню авансовые платежи, а налоговая сама с нихсписывает, в т. ч и нДС, так что мы просто прикладываем эти платежки с авансовыми платежами. В самой ГТД написано, с какой платежки сколько уплочено каких платежей.
А что такое:
"таможенная цена №1 - НДС (уплаченное за границей) = таможенная цена №2 (окончательная) ?"
Это мне непонятно.
За границей НДС не платится - это российский налог, иностр. поставщик не российский резидент - он не плательщик НДС (надо точные формулировки в НК посмотреть) .
Есть цена в инвалюте, указанная в ГТД, таможня переводит это в рубли по текущему офиц. курсу, Потом от этой стоимости (забыл как называется) считает тамож. пошлина (для разных товаров разные ставки) .
Эту стоимость в сумме с пошлиной умножаем на ставку НДС (почти всегда 18%) - получаем суму НДС по данному товару (точнее - по одной позиции ГТД, там в одну позицию может быть впихнуто много наименований) .
Сумма НДСа по всем позициям ГТД дает НДС по всей декларации - его можно принять к вычету (при условии оплаты - см. выше)
⇢ 
