Конечно не включаются, если вы на ОСНО. Ведь с реализации начисляется НДС и делается проводка Д-т90.3 К-т 68. С покупных материалов или товаров вы делаете проводку Д-т 19 К-т 60-НДС, затем этот НДС засчитывается, т. е. принимаете к вычету и делаете проводку Д-т 68 К-т 19. Счет 19 у вас закрывается, а разница на счете 68 или уплачивается в бюджет, если получится остаток кредитовый или вам возмещается из бюджета, если остаток дебетовый.
При УСН "Доходы-Расходы" НДС с покупных материалов и товаров записывается в книге Ди Р отдельной строкой и учитывается при расчете единого налога.