Договором об учреждении ООО, может быть предусмотрено, что споры между участниками рассматриваются в третейском суде?

Можно.
Это не означает, что после обращения в третейский суд в случае неисполнения решения такого суда одной из сторон нельзя обратиться в государственный суд.
http://www.pravovoystandart.ru/article/Treteiskii-sud