в ООО велся один журнал регистр приказов, и не знали что должны быть разные, что делать их же не разделишь, нумер. одна?

Докладную директору с описанием ситуации и информацией о заведении второго журнала. Обязательно!! ! Главное, чтобы была виза руководителя.

с начала года утвердите номенклатуру дел в Вашей организации, разделите приказы на кадровые и по основной деятельности. Но вообще если в организации мало приказов, то можно не делить, просто будете все приказы хранить постоянно (как по основной деятельности) , а не 75 лет (как кадровые)