Как создать часы на видео и с помощью какой программы?

Можно и готовый футаж с альфой кинуть в редактор. Вот так,
или так.

можно в АЕ или в Вегасе ...

Можно проще. Как вставить в видеофайл счетчик
Фильтр Add Frame Numbers ( Достаточно продвинутое решение с множеством настроек для добавления в видео счетчика кадров, времени видео, и текущего времени. Настраиваемые начальные значения для отсчета, а так же интервалы времени. Позволяет выводить несколько счетчиков. Полностью настраиваемое расположение, шрифты, цвет и тд. ) Фильтр внешний и не встроен в программу. После распаковки сжатой папки фильтр в формате vdf вставляют в папку plugins программы VirtualD. https://sites.google.com/site/schastevmire/vsego-ponemnogu В какой программе фильтр работает. Можете скачать с оф. сайта http://www.virtualdub.org/ А можете с моего сайта, без установки в систему. Вся остальная информация далее. Скачать программу https://sites.google.com/site/schastevmire/ssylki Как открыть видео в программе https://sites.google.com/site/schastevmire/kak-otkryt-video-v-virtualdub

Всё оч. просто:
- на телевидении: существуют специальные титровальные пакеты, позволяющие .tga (к примеру) последовательность с альфа-каналом выдавать в эфир по нажатию кнопки, по сигналу GPI и/или по расписанию.
- в монтажках: создаёте ту же последовательность, длиной в сутки (или с какого вам нужно времени и длительности) с помощью почти любого пакета (хоть АЕ, хоть 3D, хоть из почти любой монтажки) ; считаете её с альфа-каналом в последовательность .tga (или в чём удобно/требуется, некоторые программы воспринимают пару файлов .bmp, например) и накладываете поверх нужного видеоряда с нужного таймкода.. .
- в интернетах: мильён решений! Особенно, во flash.-)
Удачи!