Транзитная виза Литовская! Могу ли я из Калининграда поехать в Питер через Литву и пересекать Латвию и Эстонию ???

Нет, Упрощённый транзитный документ - УТД является специальным документом,
позволяющим гражданам Российской Федерации (РФ) , многократно пересекать
территорию Литовской Республики на любом сухопутном транспорте из
Калининградской области в остальную часть РФ и обратно.

Время пребывания в Литовской Республике по УТД не более 24 часов.

УТД приравнивается к транзитной визе, однако не позволяет въезд в другую
страну Шенгенского соглашения. Остальная часть Росийской Федерации
достигается только через Республику Беларусь.

Вы сначала разберитесь, что у вас. Если однократная шенгенская ВИЗА - то без проблем можете проехать через все три страны.
Если УПД - то см. ответ выше. Вы имеете право только пересечь Литву за 24 часа, покинув её через другой пункт.