что делать, если налог с больничного не перечислен, а пособие уже выдано?

вы не правильно ндфл исчислили?
если у вас штатный сотрудник - то будет числиться за ним долг. и когда он будет получать следующую зп удержите. в другом случае работник пусть внесет разницу, если он захочет)