Платят ли ИП налог НДФЛ за своих работников при использовании УСН?

ИП-работодатель точно так же, как любой работодатель (ООО или бюджетное учреждение, например) , удерживает из зарплаты работника НДФЛ и перечисляет его в бюджет (выступает налоговым агентом) . От системы налогообложения это не зависит.
Уплата налога по УСН - это отдельная история, его рассчитывают по итогам деятельности ИП.

Помимо НДФЛ, нужно в ПФР и ФСС взносы с зарплаты перечислять ежемесячно. На сумму взносов в ПФР и ФСС можно уменьшать налог УСН (доходы) , но не более чем на 50% или включать их в статью расходов по УСН (доходы минус расходы).