можно ли поменять паспорт по регистрации временной, если есть постоянная рега в другом городе рф?

да, можно

Согласно п. 10. "Положения о паспорте гражданина РФ... " (утв. Постановлением Правительства РФ от 08.07.1997 N 828 в ред. от 18.02.2014) - Выдача и замена паспортов производятся территориальными органами ФМС по месту жительства, по месту ПРЕБЫВАНИЯ (это то, что Вы называете "временной регистрацией") или по месту обращения (т. е. в ЛЮБОМ тер. органе ФМС на территории РФ, где Вы фактически оказались на срок не менее 2-х мес. )
Удачи.

Сейчас да. Через ФМС.