"А ведь, любой атом, уже благодаря факту своего существования, обладает информацией, разве не так? "
Нет, не так. Атом не обладает никакой информацией. Атом, это материальный объект, а не идеальный. Информация, это не материальный объект, а идеальный. Информация существует не в материальном мире, а в сознании человека. Например, информация, связанная с атомом, существенно зависит от того, что мы знаем об атоме. За 200 лет атом водорода не изменился, а информация, связанная с атомом водорода существенно изменилась.
Когда говорят про гены, то понятие информации используют только для удобства. Например, когда Вы ставите шарик на наклонную плоскость, то Вы можете тоже сказать, что Вы задали шарику информацию о том, что надо скатываться вниз. Но в данном простом случае это выглядит нелепо. Однако, в случае генов это считается нормальным, хотя это тоже в конечном счете некоторый физический процесс.
Информация теряется в чистом виде в мозге у человека. Этот процесс называется забыванием. Крайняя форма - склероз.
Информация теряется при её передаче и хранении. Этот процесс связан со свойствами физического носителя информации и, в конечном счете, со вторым началом термодинамики