Если военкомату стал известен факт откоса через год после выдачи военника с категорией В, какие могут быть последствия?

Тогда четко будет прослеживаться цепочка, военкомат->следственный комитет->суд->зона. Ну или в лучшем случае, - военкомат ->прокуратура ->военкомат ->армия.