может ли в госслужбе мать работать начальником отдела кадров, а дочь в отделе проверок?

Могут.
Запрет распространяется на случаи прямого подчинения. Начальник отдела кадров не командует отделом налоговых проверок и наоборот. Следовательно, ничего не нарушено.

ну у них же нет подчинения

Насколько знаю не разрешается работать вместе только если нет прямого подчинения одного родственника другому.