почему японцы говорят например: Шу-Сан или Конато-Кун - (Имя-Кун/Сан) В чём отличие Кун и Сан?

Да, это суффиксы.

san - это среднее нейтральное вежливо обращение на любой случай. Как sir или mister в инглише, как товарищ в ссср.
sama - высшая степень почтения. Так обращаются к боссам, прислуга к хозяевам, работник к клиентам, дети к родителям (если есть консервативная семейная традиция типа такой, как у нас была, когда говорили не "папа", "отец" и на вы) , к божеству во время молитвы (ками-сама = господин бог, примерно так) , к сюзерену, правителю.
kun - приятельское обращение молодых парней, либо обращение к маленькому мальчику.
chan - это как уменьшительно-ласкательный суффикс. обращение к девочке или молоденькой девушке. в исключительно интимной обстановке это может быть обращением девушки к ее парню. Но только наедине. Это также некрасиво, как если назвать мужика пупсичком при его друзьях. Среди мужчин не используется. Это нежность, которая граничит с фамильярностью, к знакомым или друзьям так можно, но если не уверены, лучше san
dono - обращение к дворянам, к людям высокого статуса, иногда к деловым партнерам в переписке, иногда это обращение слуги к семье хозяина. Например, к хозяину будет имя-сама, а к его дочке имя-доно.
sensei - обращение к учителю. В отличие от предыдущих, может использоваться как самостоятельное слово без добавления имени
sempai - обращение к старшему равному товарищу. Первокурсник к второкурснику, стажер к рабочему, младший по возрасту и менее опытный напарник к более опытному. употребляется по тому же принципу, что и sensei
kоhai - обращение сэмпая к своему младшему товарищу. слово почти не используется как суффикс, больше как самостоятельное слово, да даже и как обращение почти не используется. Старшие товарищи чаще обращаются к младшим по имени, а младшие к старшим по имя-сэмпай или просто сэмпай.