Моим хомякам 3 недели и несколько дней можно их отделять от матери?

Отнимать можно не ранее чем исполнится МЕСЯЦ.

Не желательно. Вы не сможете его сразу приучить к лотку. Обязательно найдутся какие- нибудь проблемы. Потерпите, пока хотя бы месяц не исполнится.