В некоторых протоколах с/з есть время начала и время окончания. Где это регламентируется? - ставить время или не ставить?

вообще-то это обязательно. Согласно ст. 259 УПК РФ:
Статья 259. Протокол судебного заседания

1. В ходе судебного заседания ведется протокол.
2. Протокол может быть написан от руки, или напечатан на машинке, или изготовлен с использованием компьютера. Для обеспечения полноты протокола при его ведении могут быть использованы стенографирование, а также технические средства.
3. В протоколе судебного заседания обязательно указываются:
1) место и дата заседания, время его начала и окончания;
2) какое уголовное дело рассматривается...