на работе стоит компьютер с ИБП. Хочется узнать по какой причине работают USB порты при выключенном компе

все в настройках биоса там есть раздел о портах и можно вібрать настройку что при выключенном компе и порты обесточиваются ...а у вас стоит походу что они включены ...

Пусть себе работают, тебе что мешают что ли? Это есть специальная функция в биосе для зарядки устройств при выключенном компе.

Даже когда комп выключен, на материнку все равно подается дежурные 5 В. Это меняется переключением джампера на материнке.