rel="nofollow" скрывает ссылку от поиска в Яндексе? или нужно noindex вставлять?

не скрывает ни то, ни другое. просто дает указания, что по ссылке для индексации проходить не нужно.
поисковики, конечно, могут начхать на эти указания.. .

предпочтительный вариант - с rel nofollow