Так отпуск по его заявлению (без сохранения заработной платы) ему был предоставлен? Издан приказ, с которым он был ознакомлен? Если нет, то работник может быть уволен за прогул, поскольку данный отпуск может быть предоставлен только с согласия работодателя. А работник должен был действовать в соответствии со статьей 142 ТК РФ.
Объясните это работнику. Если он имел право на приостановление работы в связи с задержкой заработной платы, то пусть выходит на работу 06.11 и переписывает заявление: "В связи с задержкой выплаты заработной платы на срок более 15 дней с "дата" по настоящее время в соответствии со статьей 142 ТК РФ я приостанавливаю работу с 06.11.2014 на весь период до выплаты заработной платы". Периоды невыхода на работу в связи с задержкой выплаты ЗП оплачиваются исходя из среднемесячного заработка (http://www.garant.ru/consult/work_law/539854/). А период с 29.10 по 05.11 ему оплачен не будет. Если пойдет на конфликт, скажите, что вы имеете полное право уволить его за прогул.