Если пришлось работать не официально, стоит-ли соглашаться на меньшую оплату, т. к. шеф не может списать её с налогов?

Шеф нарушает трудовой кодекс и оплата налогов это его забота, а не ваша. С вашей стороны, если совсем приперло с работой и нет других вариантов устроится можно какое-то время поработать так,, а, потом попробовать качнуть права и поднять вопрос об официальном трудоустройстве.