виновен ли Фауств трагедии Маргариты?

Смотря с какой точки зрения. С нормальной, общечеловеческой - конечно, виновен. Погубил чистую девушку.
А с точки зрения концепции произведения и внутренней логики образа - не совсем виновен. Смысл истории Фауста и Маргариты - поазать, как в человеке борются духовное и плотское начало. Низменная страсть переходит в любовь, когда Фауст видит добро и чистоту девушки. Но потом выясняется, что между ними - пропасть в интеллектуальном и духовном смысле, что мышление Маргариты ограничивается средневековыми догмами. Она совсем не близка Фаусту. Остаться с ней означало бы погубить свою душу, проиграть договор с Мефистофелем.
И еще одно: Фауст губит Маргариту, но он же ее и спасает в темнице, предлагая сбежать - то есть он дает ей возможность выбора. Она делает правильный выбор и слышит голос свыше: "Спасена! " Благодаря Фаусту. Потому она и прощает его (в конце произведения).