Почему в одной налоговой требуют справку о том, что ты не являешься предпринимателем, а в другой нет

потому что в одной налоговой профессионалы сидят, а в другой пеньки не образованные, которые в свой же реестр рыло сунуть не способны.

Налоговая регистрирует ИП если ты не являешься ИП они и без тебя это знают, никакой справки предоставлять ненужно, это одно ведомство вообще-то.