Можно ли получить налоговый вычет за приобретённую квартиру, если средства наполовину свои, наполовину субсидия

налоговый вычет будет только на твои средства

совершенно верно, вычет получите со своих средств, без учета субсидии, с 2 000 000 максимум 260 000 рублей. Учтите, что налоговый вычет можно получить только единажды

Можно, только на свои затраты.