какие проблемы будут при получении денег по жилищному сертификату?

Первая возможная проблема, могут затянуть выплаты денег, сертификаты оплачивают из бюджета, а значит полно бюрократии.
Вторая проблема, выплаты только безналом на счет продавца квартиры, поэтому лучше уточнить в банке, в котором будет открыт счет для получения денег, нет ли комиссии за снятие этих средств со счета.
Третья проблема, т. к. у держателей сертификатов есть ограничения на приобретаемое жилье (например не менее ХХ кв. метров) то бюджет может сделку просто отклонить и не оплатить сертификатом уже после подписания договора купли-продажи.