В маг. при проверки лицензии, лицензирующие органы обнаружили, что вышел срок действия лицензии.

После составления акта проверки и его подписания - имеют полное право выписать административный штраф и предписать устранить допущенные нарушения. С актом вы можете не согласиться в письменной форме, после чего оспаривать его (как и наложенный штраф) в судебном порядке.