Главное--пройти порог. И в аттестат пойдёт годовая отметка.
ЕГЭ не влияет на аттеста и медаль вообще никак. Главное порог перейти, а то аттеста вообще не дадут.
Выпускники, проявившие способности и трудолюбие в учении, награждаются золотой и серебряной медалями «За особые успехи в учении» и (или) похвальной грамотой «За особые успехи в изучении отдельных предметов» в порядке, определяемом Минобрнауки России.
Результаты ЕГЭ по предметам выбору не влияют на награждение выпускников золотой или серебряной медалью «За особые успехи в учении» (Приказ Министерства образования и науки Российской Федерации
«Об утверждении Положения о формах и порядке проведения государственной (итоговой) аттестации обучающихся, освоивших основные общеобразовательные программы среднего (полного) общего образования»
от 28 ноября 2008 г. № 362 )
Если выпускник на государственной (итоговой) аттестации успешно сдал экзамены по русскому языку и математике, то ему выдается документ государственного образца об уровне образования - аттестат о среднем (полном) общем образовании.
Итоговые отметки по каждому предмету, вносимому в установленном порядке в аттестат, определяются как среднее арифметическое годовых отметок выпускника за X, XI (XII) классы и выставляются в аттестат целыми числами в соответствии с правилами математического округления.
Следовательно, результаты экзаменов по обязательным предметам, а также и предметам по выбору не влияют на отметку, выставляемую в аттестат.