Этот протокол важен для "туннелирования" Ipv6 в IPv4 и обратно. Хотя сам этот протокол не создает туннель, он является связующим между портами IPv6 и IPv4. Очень грубо говоря необходим для связи между IPv6 и IPv4.
Я пользуюсь uTorrent, из многолетнего опыта скажу, что в ситуации вырубленным IPv6. И если все таки IPv6 включен, но заблокирован Proto41, раздачи уменьшаются, а объем трафика на соединение с другими компами увеличивается. Т. е. лучше пусть работает как должно работать, а не препятствовать нормальной работе, сетевых протоколов о которых вообще понятия не имеешь.. .