Во-первых, did you EAT, a не ate. Во-вторых, в первом подчёркивается результат действия. Ты съел яблоко? А во втором сам факт "делал, но не сделал". Ты ел яблоко? И неважно, что съеден только кусочек. А в первом важно
не did you ate ...а did you eat. Did - это уже показатель прошедшего времени.
Have you eaten the apple? - Имеет ввиду "Это ты съел яблоко (недавно)? "
Did you eat an apple? - Ты ел раньше яблоки?
Есть.
Did you ate the apple-такого быть не может, прfвильно : Did you EAT the apple?
первое предложение-Ты уже съел яблоко? (
второе Ты съел яблоко (вчера, 2 года назад и тд, то есть в прошлом)
1-ое - важно, что ты съел яблоко, теперь ты можешь, например, поделиться опытом, ну или ты просто уже не голоден, т. е. результат на лицо; 2-ое - важен просто сам факт того, что яблоко съето