А в чём разница? Институт и университет ?

Университет - скажем так, более крупная единица, имеет как правило гораздо больше направлений подготовки) например, Университет может в себя включать институты. К примеру, в экономическом университете могут быть: институт международных отношений, институт экономики, институт менеджмента.
Если имеются в виду именно Федеральные университеты, то они включают и институты гуманитарных наук, и институты экономического профиля, институт иностранных языков.
А вот институт делится только на факультеты, т. е. направлений подготовки меньше, как бы они внутри одной отрасли (к примеру, институт экономики может выпускать менеджеров, бухгалтеров, экономистов) .

С точки зрения престижа.. . Университет престижнее, по большей части это государственные и ФЕДЕРАЛЬНЫЕ УЧРЕЖДЕНИЯ. Институтов же, если они не в составе Университета, а самостоятельные, много - их много коммерческих. Если коммерческие - значит нет бюджетных мест.