Организация закупает у физ лица оборудование должно ли физ лицо платить налог если сумма имущества до 250000 руб?

Да, здесь можно сослаться на ст 220, п. 1., т.. е. только с суммы, превышающей 250 т. р. , но находящей в собственности до 3-х лет. Свыше 3-х лет - никаких налогов.