Да, так и есть: если квартира в соб-ти менее трёх лет, при продаже придётся заплатить 13% подоходного с суммы превышающей 1 млн. рублей.
Практика такая существует и весьма широко применяется, дугой вопрос насколько это разумно с т. з. рисков для участников сделки. Впрочем, в большей степени здесь рискует покупатель.
Возможно ли это в конкретном случае, зависит банка, есть банки, которые идут на занижение стоимости в ДКП, а есть, которые не занижают. Кроме того, важно знать каковы условия конкретного кредита, позволяет ли они воспользоваться возможностью занизить стоимость кв-ры в ДКП.
У Вас есть возможность воспользоваться однократным налоговым имущественным вычетом на приобретение жилья. Если Вы сделаете это в течение календарного года после продажи своей квартиры и на сумму не меньшую, чем цена проданной квартиры, то налог с продажи и налоговый вычет можно взаимозачесть. Впрочем, это уже вопрос к налоговой в том городе, где будете покупать (налоговая у нас не особенно практикует междугороднюю дружбу) . Вам лучше не пожалеть денег и заплатить хорошему юристу по налоговому праву, который поможет Вам грамотно составить и подать заявление в налоговую