можно ли провести сделку в регистрационной палате если недвижимость находится в другом районе города?

Как по вашему, зачем их столько наплодили.

В Москве можно в любом отделении Росреестра зарегистрировать сделку.
Вашем городе (если Вы не в Москве) - позвоните и спросите, либо на сайт зайдите.

Ты долго сам думал или научил кто-нибудь? В Петербурге есть Единый Центр документов, можно провести сделку по любому району города и сдать на регистрацию.

Сделку вы можете провести где угодно, а вот зарегистрировать договор можете только в том городе, где находится недвижимость.
В крупных городах это можно сделать в любом районе города.