Это существительное, которому свойственно родовое варьирование. То же самое касается и евро. Эти слова являются наименованиями иностранных денежных единиц – старинных золотых, серебряных и медных монет или современных купюр: сольдо, скудо, эскудо, песо, сентаво, экю, су, пенни, крузадо, тенге и другие11. В научных, публицистических и художественных произведениях обнаруживаются наглядные примеры их родового варьирования.
А, вообще, ловите ссылочку - там подробно:
http://www.gramma.ru/RUS/?id=14.107
В словаре Ефремовой ЭКЮ - это существительное мужского рода, слово несклоняемое.
Поскольку в те времена бумажных денег не было, то как монета, экю - женского рода
Скорее всего среднего рода.
Мужского. Серебряный экю весом 27,19 граммов выпускался с 1641 года.