Есть текст в microsoft word 2010, как перегнать его в формат xml, для дальнейшей работы в программе protege

Сохранить документ в формате XML- ворд. Там есть в выпадающем списке. На скрине 2007, 2010 не сильно отличается...

Вообще-то формат docx - это уже xml, просто запакованный. Переименуйте docx в zip и распакуйте любым архиватором, например, WinRar. А вот про дальнейшую работу с protege, не могу сказать. Скорее всего protege использует другой формат xml и тогда надо писать xsl преобразование, чтобы один формат xml переконвертировать в другой.