Безопасно ли использовать восстановление системы?

Безопасно.

По сравнению с полным форматированием харда и переустановкой винды - да! Но переустановка надежнее.

как показывала практика, один раз ДА, второй хреновато уже, на третий, лучше переустанавливать систему.
НО лучше пользоваться Acronis True Image Home.