если сумма возврата НДС меньше начисленного НДС мне доплатят?

Если сумма возврата НДС меньше начисленного НДС, то возвращать нечего, должна будет
организация доплатить!

Налоговый период по НДС квартал. Если в предыдущем квартале был в декларации по НДС заявлен НДС к возмещению, то налоговая может вернуть или зачесть НДС только после проведения камеральной проверки, а она длится 3 месяца.

Если в ходе камеральной проверки декларации по НДС с заявленной к возмещению суммой налога инспекция не выявила нарушений, то она обязана в течение семи рабочих дней с момента окончания проверки принять решение о возмещении налога (п. 2 ст. 176 НК РФ) .
На практике принятие решения о возмещении зачастую затягивается до момента, пока не будут рассмотрены материалы налоговой проверки. В связи с этим Президиум ВАС России в Постановлениях от 20.03.2012 N 13678/11 и от 12.04.2011 N 14883/10 указывал, что инспекция не вправе откладывать возврат той части НДС, в отношении которой не выявлено нарушений, до момента изготовления акта проверки либо до принятия решений о возмещении.
Все зависит от того, как пройдет камеральная проверка.

При этом моментом ее окончания является день, в который истекает отведенный на проверку трехмесячный срок, исчисляемый со дня представления декларации (п. 2 ст. 88 НК РФ) . Если же проверка была закончена раньше, то момент ее окончания определяется по дате, указанной в акте проверки.