Если нужно создать на сайте joomla html материал, куда девать файлы js формата?

Делается это очень просто. Заходите в раздел пользователи и отключаете у администратора редактор, так как редактор обрезает из материала весь лишний код. И затем спокойно вставляете в нужное место необходимый Вам код и выполняете сохранение. Точно таким же образом прописываются счетчики.