Внешний диск: можно только часть диска переформатировать в NTFS? другую оставить FAT32 ?

для этого требуется разбиение диска на несколько логических. На внешних устройствах из-за особенностей построения дисковых таблиц такая штука невозможна, однако, я могу ошибаться, может быть что-то уже придумали, задайте вопрос в поисковике, на специализированных форумах, скорее всего, вы найдете исчерпывающий ответ

если нужен геморой, то надо пройти процедуру заболевания

Совершенно верно, разбить на 2 логических. Помнится, правда, с флешкой под ХР были проблемы (в том смысле, что она на флешке 2 раздела не видела, только один) . Но если это просто выносной хард, то проблем быть не должно.