Каким из указанных нормативных актов следует руководствоваться в процессе реализации права в случае противоречия данных

Вы, господин ученик, ленивы, т. к. эти вещи будущий юрист должен знать, как дважды два. Теория права - мать всех юридических дисциплин. Мне неприятно отвечать Вам на этот вопрос, но.. . все же отвечу:
.В Вашем примере выделяются следующие виды подзаконных нормативных правовых актов, расположенные по иерархии:
1) постановления и распоряжения Правительства РФ. Акты, имеющие особо важное значение, издаются в форме постановлений. Акты по оперативным и другим текущим вопросам издаются в форме распоряжений. Они могут быть приняты лишь на основании и во исполнение законов Российской Федерации, а также указов Президента РФ;
2) приказы, инструкции, положения министерств и ведомств принимаются на основе и в соответствии с законами Российской Федерации, указами и распоряжениями Президента РФ, постановлениями и распоряжениями Правительства РФ.
Отсюда явствует, что приказ Комитета по образованию, в случае его противоречия с Постановлениями Правительства, не должен приниматься во внимание.
В случае коллизии двух равных по юридической силе нормативно-правовых актов (в Вашем случае Постановлений Правительства) действовать должен нормативно правовой акт, принятый позднее (в Вашем случае – Постановление Правительства 2004г. )