Нет не учитывается, как Вы можете совмещать если находитесь в учебном отпуске, бред получается.
Статья 287.ТК РФ Гарантии и компенсации лицам, работающим по совместительству.
Гарантии и компенсации лицам, совмещающим работу с обучением, а также лицам, работающим в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, предоставляются работникам только по основному месту работы.
Другие гарантии и компенсации, предусмотренные трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права, коллективными договорами, соглашениями, локальными нормативными актами, предоставляются лицам, работающим по совместительству, в полном объеме.
А значит, предоставлять и оплачивать совместителю учебный отпуск даже при наличии справки-вызова из учебного учреждения компания не должна. На время сессии совместитель должен идти в отпуск за свой счет.