Налоговая база в этом случае должна определяться как разница между суммой, полученной от продажи квартиры пропорционально доле, которая находилась в собственности менее трех лет, и суммой имущественного налогового вычета.
Доход от продажи квартиры, пропорциональный доле, которая находилась в собственности более трех лет, НДФЛ не облагается.
В Письме Минфина России от 10.05.2012 N 03-04-05/9-621
Была рассмотрена следующая ситуация. Налогоплательщик унаследовал 1/2 доли на квартиру более трех лет назад, а оставшуюся часть доли - менее трех лет назад. В дальнейшем доли были проданы по двум договорам купли-продажи. Разъясняется, что доход от продажи доли, которая унаследована более трех лет назад, освобождается от налогообложения. По доле же, которая была получена по наследству и находилась в собственности менее трех лет, налогоплательщик может получить имущественный вычет в размере, не превышающем 1 млн руб.
Кроме того, имеется альтернатива:
Вместо имущественного вычета со второй доли можно уменьшить доход от продажи на сумму расходов понесенных при покупке продаваемой доли.